Der Fachbereich Ökonomie führt jährliche Panel-Erhebungen zur wirtschaftlichen Lage und zu wirtschaftlichen Rahmenbedingungen bei Ärzten, Zahnärzten und Apotheken durch. Die Ergebnisse bilden einen zentralen Bestandteil der Honorarverhandlungen im deutschen Gesundheitswesen. Vor allem liefern die Erhebungen eine einzigartige Datengrundlage für wissenschaftliche Forschung.

Kernstück ist das Zi-Praxis-Panel, eine umfassende Befragung von Niedergelassen in allen Fachgebieten und Regionen. Die Daten bilden die Basis für Honorarverhandlungen und die Weiterentwicklung des Einheitlicher Bewertungsmaßstabs. Teilnehmende erhalten Vergleichskennzahlen für das wirtschaftliche Praxismanagement. Ergänzt wird die Befragung durch das Zi-MVZ-Panel, dass gezielt Medizinische Versorgungszentren befragt.

Mit dem Zahnärzte-Praxis-Panel führt das Zi auch die Kostenstrukturerhebung der Kassenzahnärztlichen Bundesvereinigung in Praxen der kassenzahnärztlichen Versorgung durch.  In Zusammenarbeit mit der Bundesvereinigung Deutscher Apothekerverbände erhebt das Zi außerdem Daten zu Kosten- und Leistungsstukturen in Apotheken. Regelmäßig werden darüberhinaus Befragungen zu aktuellen Themen und Entwicklungen durchgeführt.